ในปี พ.ศ. 2547 สถาบันราชภัฏศรีสะเกษได้ยกฐานะเป็น “มหาวิทยาลัยราชภัฏศรีสะเกษ” และเป็นนิติบุคคลตามกฎหมายตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยราชภัฏ พ.ศ. 2547 โดยมีฐานะเป็นนิติบุคคลและเป็นส่วนราชการตามกฎหมาย ว่าด้วยวิธีการงบประมาณ ในสำนักงานงบประมาณคณะกรรมการการอุดมศึกษา ในปี พ.ศ. 2548 มหาวิทยาลัยราชภัฏศรีสะเกษ ได้เปิดหลักสูตรสาขาวิชารัฐประศาสนศาสตร์ รุ่นที่ 1 โดยเปิดทำการเรียนการสอนในปีการศึกษา 1/2548 เป็นต้นมา ซึ่งหลักสูตรดังกล่าวสังกัดภาควิชามนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ คณะศิลปศาสตร์และวิทยาศาสตร์ ในปี พ.ศ. 2549 มหาวิทยาลัยราชภัฏศรีสะเกษ ได้เปิดหลักสูตรสาขาวิชานิติศาสตร์ รุ่นที่ 1 โดยเปิดทำการเรียนการสอนในปีการศึกษา 1/2549 เป็นต้นมา ซึ่งหลักสูตรดังกล่าวสังกัดภาควิชามนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ คณะศิลปศาสตร์  และวิทยาศาสตร์